香港海洋公园保育基金（保育基金）肩负海洋公园保育使命，承诺透过协作筹款与科研教育，致力提倡促进及参与亚洲区内务实有效的野生生态保育工作，并重点保育中华白海豚与大熊猫以及其栖息地。保育基金展望各界无私合作，携手保护亚洲野生生态长久繁盛丰饶。

保育基金每年撥款支持亞洲各地的保育及科研項目。除了大熊貓及中華白海豚外，亦資助其他受威脅物種及其棲息地的研究。許多物種已被列入國際自然保護聯盟（IUCN）紅色名錄的「瀕危」或「極度瀕危」級別，包括馬蹄蟹鱟、眼斑水龜、中華穿山甲及中華鳳頭燕鷗。

2024年，基金成立香港生物多樣性保育基金，以保障本地物種及其棲息地。

保育基金的社區參與項目旨在啟發新一代保育人士，提升知識與經驗，並倡議及推動公眾參與保育行動。透過大學生贊助計劃，本地大學生可親身參與亞洲各地的保育項目，鼓勵他們投身保育事業。

幼年馬蹄蟹保母計劃讓中學生親自飼養人工繁殖的幼年馬蹄蟹，並將其放歸野外，學習保育的重要性。

保育基金亦動員潛水員、行山人士及村民參與清理水底及岸邊的幽靈網，並協助移除溪流中的陷阱，共同守護環境。

保育基金的鯨豚擱淺行動組與海洋公園及漁農自然護理署合作，調查香港水域的鯨豚擱淺個案。從擱淺動物收集的樣本提供重要資訊，包括年齡、性別、病原體及死亡原因，協助科學家及政府更有效地保育鯨豚及其棲息地。